La función principal la Auditoría Especial de Cumplimiento Financiero es la revisión y fiscalización de la cuenta pública del gobierno del Estado y sus Municipios, así como los recursos públicos que manejen, ejerzan, administren o custodien los Entes públicos estatales y municipales y cualquier persona física o moral del sector social o privado; así como la ejecución de auditorías específicas para la atención a denuncias y puntos de acuerdo generados por el H. Congreso de Estado de Sinaloa, a través de la revisión de gestión financiera de los entes; entre otras actividades.